مؤسسه شهید سید مرتضی آوینی زیر نظر خانواده ایشان اداره می‌شود و با مؤسسه‌ای که تا سال ۹۷ با این عنوان فعالیت داشت و اکنون به مؤسسه اندیشه شهید آوینی تغییر نام داده، هیچ ارتباطی نداشته و ندارد.

مؤسسه شهید آوینی در سال ۱۳۹۷ و هم‌زمان با بیست و پنجمین سالگرد شهادت سید مرتضی آوینی تأسیس شد. اگر چه پس از شهادت ایشان برای معرفی آثار و انتشار نوشته‌هایشان گام‌هایی برداشته شد اما حمل شدن بار سیاسی بر اندیشه او موجب شد بعد فکری و فرهنگی آن تا حدود زیادی ناشناخته بماند.

به همین منظور مؤسسه سید مرتضی آوینی که با نظارت خانواده ایشان اداره می‌شود، با هدف زدودن بار سیاسی و پرداختن به ابعاد فرهنگی و هنری تفکر سید مرتضی آوینی شکل گرفته است.

از جمله فعالیت‌های این مؤسسه می‌توان به برگزاری رویدادهای فرهنگی، تولید برنامه تلویزیونی، انتشار آثار شهید آوینی و انتشار کتاب در حوزه فرهنگ و هنر اشاره کرد.